Η ισορροπημένη σχέση μεταξύ της διατήρησης του πληθυσμού της Μεσογειακής φώκιας, της προστασίας των οικοτόπων προτεραιότητας, όπως η ποσειδωνία και η τραγάνα και των ανθρώπινων δραστηριοτήτων που λαμβάνουν χώρα στις περιοχές γύρω από τη Γυάρο, αποτελεί έναν από τους βασικούς στόχους του προγράμματος.
Η ομάδα του «ΚΥΚΛΑΔΕΣ LIFE» θα θεσπίσει μια λειτουργική Επιτροπή Συνδιαχείρισης, που θα στελεχωθεί με τους κατάλληλους εκπροσώπους φορέων δίνοντας σε αυτό το σχήμα έναν ρόλο κλειδί για την επιτυχημένη λειτουργία της θαλάσσιας προστατευόμενης περιοχής. Θα αποτελείται από κεντρικούς φορείς αλλά και από φορείς της τοπικής κοινωνίας της Άνδρου και της Σύρου και η σύνθεσή του θα βασιστεί στα αποτελέσματα των προπαρασκευαστικών δράσεων του προγράμματος.
Η κοινωνική και οικονομική χαρτογράφηση των τοπικών κοινωνιών θα αναδείξει τους φορείς (θεσμικούς, ιδιωτικούς και δημόσιους) που εμπλέκονται άμεσα με την ευρύτερη περιοχή της Γυάρου. Η Επιτροπή Συνδιαχείρισης θα απαρτίζεται από 15 άτομα και στόχος είναι να εκπροσωπούνται πλήρως οι κύριοι εμπλεκόμενοι κεντρικοί φορείς αλλά και η τοπική κοινωνία, από φορείς όπως, τοπική αυτοδιοίκηση, επαγγελματίες και ερασιτέχνες αλιείς, τουριστικές επιχειρήσεις, δύτες και εκπρόσωπους άλλων επαγγελματικών κλάδων.
Προκειμένου η Επιτροπή Συνδιαχείρισης να ασκεί αποτελεσματικά τα καθήκοντά της ως συνδιαχειρίστρια και διοικητικό όργανο θα διαμορφωθούν ειδικά πρωτόκολλα για τη λειτουργία της. Θα έχει βασικό ρόλο στο σχεδιασμό των προτάσεων των ορίων και των μέτρων διαχείρισης της νέας θαλάσσιας προστατευόμενης περιοχής, θα συμβάλει στη τελική διαμόρφωση της Ειδικής Περιβαλλοντικής Μελέτης, και θα συμφωνήσει σε ένα πλάνο συνδιαχείρισης της περιοχής το οποίο και θα συμπεριληφθεί στην επίσημη θέσπιση του Καταφυγίου Άγριας Ζωής και της Θαλάσσιας Προστατευόμενης Περιοχής.
Έτσι, θα εξασφαλιστούν όλες οι απαραίτητες δομές ώστε να αρχίσει να λειτουργεί αποτελεσματικά, να εφαρμόσει τις κατάλληλες στρατηγικές για την επίτευξη συγκεκριμένων στόχων που θα βασίζονται στην αρχή της θαλάσσιας χωροταξίας και να προωθήσει τις απαραίτητες δράσεις για την αποτελεσματική προστασία της περιοχής και τη βιώσιμη ανάπτυξη των τοπικών κοινωνιών.
Απώτερος στόχος του προγράμματος είναι να αποτελέσει η Επιτροπή Συνδιαχείρισης τη βασική διαχειρίστρια της θαλάσσιας προστατευόμενης περιοχής, εφαρμόζοντας, παρακολουθώντας και αξιολογώντας το συμφωνημένο σχέδιο συνδιαχείρισης. Τα μέλη της θα συναντιούνται ανά τακτά χρονικά διαστήματα, ενώ η ανοικτή διαβούλευση και συμφωνία μεταξύ φορέων, αρχών και άλλων ομάδων που εμπλέκονται άμεσα με την περιοχή, είναι απαραίτητη, ώστε οι αποφάσεις που θα λαμβάνονται να είναι εφαρμόσιμες και αποτελεσματικές οδηγώντας στην αρμονική χρήση των θαλάσσιων πόρων και υπηρεσιών εξασφαλίζοντας την προστασία και τη διατήρηση του θαλάσσιου περιβάλλοντος.